NARUTO SHIPPUDEN: ULTIMATE NINJA STORM GENERATIONS enthält zum ersten Mal in der Geschichte der Naruto-Games ein innovatives System, mit dem echte Sammelkarten mit dem Videospiel verwendet werden können. Auf jeder Karte des Booster-Packs befindet sich ein Code, mit dem im Spiel das entsprechende Artwork für das Spielerprofil sowie ein spezieller Kartenkampf freigeschaltet wird. Durch den Kartenkampf kann sich der Spieler Bonus-Fähigkeiten erspielen, um sich einen Vorteil für benutzerdefinierte Rängekämpfe zu verschaffen.